izmertechИзмерительная техникаIzmeritel`naya Tekhnika0368-10252949-5237ФГУП "ВНИИФТРИ"10.32446/0368-1025it.2021-1-60-65izmertech-1743Research ArticleМЕДИЦИНСКИЕ И БИОЛОГИЧЕСКИЕ ИЗМЕРЕНИЯMEDICAL AND BIOLOGICAL MEASUREMENTSГенетический анализатор Нанофор 05 в качестве средства измерений при секвенировании ДНКGenetic analyzer Nanophore 05 as a measuring instrument for DNA sequencingВолковА. А.VolkovA. A.

Александр Анатольевич Волков

Москва

Aleksandr A. Volkov

Moscow

alexavolkov@gmail.comВолковИ. А.VolkovI. A.

Илья Алексеевич Волков

Москва

Il’ya A. Volkov

Moscow

iv@syntol.ruПлуговА. Г.PlugovA. G.

Александр Геннадиевич Плугов

Москва

Aleksandr G. Plugov

Moscow

ap@syntol.ruКулябинаЕ. В.KulyabinaE. V.

Елена Вячеславовна Кулябина

Москва

 

 

Elena V. Kulyabina

Moscow

kuliabina@vniims.ruМелковаО. Н.MelkovaO. N.

Ольга Николаевна Мелкова

Москва

Olga N. Melkova

Moscow

melkova@vniims.ruЛавровГ. С.LavrovG. S.

Георгий Сергеевич Лавров

Санкт-Петербург

Georgii S. Lavrov

St. Petersburg

lavrik641@mail.ruБочароваД. В.BocharovaD. V.

Дария Владимировна Бочарова

Санкт-Петербург

Dariya V. Bocharova

St. Petersburg

souldarydary@gmail.comАлексеевЯ. И.AlekseevY. I.

Яков Игоревич Алексеев

Москва;

Санкт-Петербург

Yakov I. Alekseev

Moscow;

St. Petersburg

jalex01@mail.ruВсероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографииРоссияRussian Federal Research Institute of Fisheries and OceanographyRussian FederationНаучно-производственная фирма «Синтол»РоссияLimited Liability Company SyntolRussian FederationВсероссийский научно-исследовательский институт метрологической службыРоссияAll-Russian Research Institute of Metrological ServiceRussian FederationИнститут аналитического приборостроения РАНРоссияInstitute for Analytical Instrumentation, Russian Academy of SciencesRussian FederationНаучно-производственная фирма «Синтол»; Институт аналитического приборостроения РАНРоссияLimited Liability Company Syntol; Institute for Analytical Instrumentation, Russian Academy of SciencesRussian Federation202119062023016065Copyright © Волков А.А., Волков И.А., Плугов А.Г., Кулябина Е.В., Мелкова О.Н., Лавров Г.С., Бочарова Д.В., Алексеев Я.И., 20232023Волков А.А., Волков И.А., Плугов А.Г., Кулябина Е.В., Мелкова О.Н., Лавров Г.С., Бочарова Д.В., Алексеев Я.И.Volkov A.A., Volkov I.A., Plugov A.G., Kulyabina E.V., Melkova O.N., Lavrov G.S., Bocharova D.V., Alekseev Y.I.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.izmt.ru/jour/article/view/1743

Разработано метрологическое обеспечение секвенирования ДНК. Секвенирование стандартного образца митохондриальной последовательности ДНК человека выполнено методом Сенгера на отечественных генетических анализаторах капиллярного электрофореза Нанофор 05. Результаты проведённых работ использованы при утверждениях типов стандартного образца митохондриальной последовательности ДНК человека и средства измерений последовательности ДНК.

The paper presents the results of studies on the development of metrological support for DNA sequencing. The sequencing of a standard sample of the human mitochondrial DNA was carried out according to the Sanger method on domestic capillary electrophoresis genetic analyzers Nanophore 05. The results of the work were used to validate standard reference material for human mitochondrial DNA sequence and to confi rm the DNA sequencer as a measurement instrument.

секвенирование ДНКстандартный образец ДНКпогрешность секвенирования ДНКгенетический анализаторкапиллярный электрофорезDNA sequencingstandard DNA sampleDNA sequencing errorgenetic analyzercapillary electrophoresisReferencesАльбертс Б., Брей Д., Льюис Дж., Рэфф М., Робертс К., Уотсон Дж. Молекулярная биология клетки: в 3-х т.: Пер. с англ. канд. биол. наук Т. Н. Власик, канд. биол. наук В. П. Коржа, канд. биол. наук В. М. Маресина, Т. Д. Аржановой, Г. В. Крюковой / Под ред. акад. Г. П. Георгиева, докт. биол. наук Ю. С. Ченцова. М.: Мир, 1994. Т. 1. 517 с.Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J. D., Molecular Biology of the Cell, 2 ed., New York, London, Garland Publishing, Inc., 1994.Sanger F., Nicklen S. and Coulson A. R., Proceedings of the National Academy of Sciences, 1977, vol. 74, no. 12, pp. 5463–5467. https://doi.org/10.1073/pnas.74.12.5463Sanger F., Nicklen S. and Coulson A. R., Proceedings of the National Academy of Sciences, 1977, vol. 74, no. 12, pp. 5463–5467. https://doi.org/10.1073/pnas.74.12.5463Benthley David R., Balasubramanian S., Swerdlowe H. P. et al., Nature, 2008, vol. 456, no. 6, pp. 53–59. https://doi.org/10.1038/nature07517Benthley David R., Balasubramanian S., Swerdlowe H. P. et al., Nature, 2008, vol. 456, no. 6, pp. 53–59. https://doi.org/10.1038/nature07517Rusk N., Nature Methods, 2011, vol. 8, no. 1, р. 44. https://doi.org/10.1038/nmeth.f.331Rusk N., Nature Methods, 2011, vol. 8, no. 1, р. 44. https://doi.org/10.1038/nmeth.f.331Larkin J., Henley R., Jadhav V. et al., Nature Nanotechnology, 2017, vol. 12, pp. 1169–1175. https://doi.org/10.1038/nnano.2017.176Larkin J., Henley R., Jadhav V. et al., Nature Nanotechnology, 2017, vol. 12, pp. 1169–1175. https://doi.org/10.1038/nnano.2017.176Голубев С. С., Кононогов С. А., Равин Н. В, Скрябин К. Г. Выбор эталона для определения нуклеотидных последовательностей молекул ДНК // Измерительная техника. 2011. № 12. С. 45–47.Golubev S. S., Kononogov S. A., Ravin N. V, Skryabin K. G., Measurement Techniques , 2012, vol. 54, no. 12, pp. 1408–1411. https://doi.org/10.1007/s11018-012-9903-4Голубев С. С., Кононогов С. А., Кудеяров Ю. А., Марданов А. В., Николаева П. Ю., Равин Н. В., Скрябин К. Г. Метрологическое обеспечение секвенирования молекул ДНК // Измерительная техника. 2012. № 3. С. 64–72.Golubev S. S., Kononogov S. A., Kudeyarov Yu. A., Mardanov A. V., Nikolaeva P. Yu., Ravin N. V., Skryabin K. G., Measurement Techniques, 2012, vol. 55, no. 3, pp. 345–350. https://doi.org/10.1007/s11018-012-9962-6Голубев С. С., Кудеяров Ю. А., Николаева П. Ю., Марданов А. В., Равин Н. В. Стандартный образец нуклеотидной последовательности ДНК // Законодательная и прикладная метрология. 2013. Т. 124. № 3. С. 44–48.Golubev S. S., Kudeyarov Yu. A., Nikolaeva P. Yu., Mardanov A. V., Nikolaeva P. Yu., Ravin N. V., Zakonodatel’- naya i prikladnaya metrologiya, 2013, vol. 124, no. 3, pp. 44–48 (in Russian).Алексеев Я. И., Белов Ю. В., Малюченко О. П., Монахова Ю. А., Натыров А. Н., Орехов В. А., Коновалов С. В., Курочкин В. Е., Петров А. И. Генетический анализатор для фрагментного анализа ДНК // Научное приборостроение. 2012. Т. 22. № 4. С. 86–92.Alekseev Ya. I., Belov Yu. V., Malyuchenko O. P., Monakhova Yu. A., Natyrov A. N., Orekhov V. A., Konovalov S. V., Kurochkin V. E., Petrov A. I., Nauchnoe priborostroenie, 2012, vol. 22, no. 4, pp. 86–92 (in Russian).Heller C., Electrophoresis, 2000, vol. 21, no. 3, pp. 593–602.Heller C., Electrophoresis, 2000, vol. 21, no. 3, pp. 593–602.Бочарова Д. В., Алексеев Я. И., Курочкин В. Е. Изучение влияния напряжения электрического поля на эффективность разделения одноцепочечных фрагментов ДНК при капиллярном гель-электрофорезе в полимерах на основе линейного поли-N,N,-диметилакриламида // Журнал аналитической химии. 2020. Т. 75. № 12. С. 1148–1152. https://doi.org/10.31857/S0044450220100035Bocharova D. V., Alekseev Ya. I., Kurochkin V. E., Journal of Analytical Chemistry, 2020, vol. 75, no. 12, pp. 1633–1637. https://doi.org/10.31857/S0044450220100035Barbara C. Levin, Koren A. Holland, Diane K. Hancock, Michael Coble, Thomas J. Parsons, Laura J. Kienker, Diana W. Williams, MaryPat Jones, Kristy L. Richie., Mitochondrion, 2003. vol. 2, iss. 6, pp. 387–400. https://doi.org/10.1016/S1567-7249(03)00010-2Barbara C. Levin, Koren A. Holland, Diane K. Hancock, Michael Coble, Thomas J. Parsons, Laura J. Kienker, Diana W. Williams, MaryPat Jones, Kristy L. Richie., Mitochondrion, 2003. vol. 2, iss. 6, pp. 387–400. https://doi.org/10.1016/S1567-7249(03)00010-2Levin B. C., Cheng H., Reeder D. J., Genomics, 1999, vol. 55, pp. 135–146. https://doi.org/10.1006/geno.1998.5513Levin B. C., Cheng H., Reeder D. J., Genomics, 1999, vol. 55, pp. 135–146. https://doi.org/10.1006/geno.1998.5513Anderson S., Bankier A. T., Barrell B. G., deBrujin M. H. L., Coulson A. R., Drouin J., Eperon I. C., Nierlich D. P., Roe B. A., Sanger F., Schreier P. H., Smith A. J. H., Staden R., Young I. G., Nature, 1981, vol. 290, pp. 457–465. https://doi.org/10.1038/290457a0Anderson S., Bankier A. T., Barrell B. G., deBrujin M. H. L., Coulson A. R., Drouin J., Eperon I. C., Nierlich D. P., Roe B. A., Sanger F., Schreier P. H., Smith A. J. H., Staden R., Young I. G., Nature, 1981, vol. 290, pp. 457–465. https://doi.org/10.1038/290457a0Andrews R., Kubacka I., Chinnery P. et al., Nature Genetics, 1999, vol. 23, p. 147. https://doi.org/10.1038/13779Andrews R., Kubacka I., Chinnery P. et al., Nature Genetics, 1999, vol. 23, p. 147. https://doi.org/10.1038/13779

The authors declare that there are no conflicts of interest present.